張晉德被控指示屬下以採購水果禮盒、頒發納莉風災救災團體獎金、用不實的發票浮報採購款項等手法貪污。
合議庭指出，張晉德本應重判，但考量他在署長任內，為防治登革熱和ＳＡＲＳ傳染，多次派兵支援民間消毒工作，還舉辦全民核生化防護研討會，並督導核災演習和小南門化災演習，對提升國軍化學兵防護能力，和全民化毒防護頗有貢獻，加上貪污金額不多，因此酌予減刑。
庭訊時，張晉德只承認部分犯行，並指相關證人胡亂指控，強調款項都是公款公用；他任職期間屢獲功獎，國防部還以他口述歷史，編譯成「國軍化學兵」一書，不可能公款私用。