菲律賓交通部長羅哈斯（Manuel Roxas）於晚間約六時卅分證實，林炳智下午從宿霧市乘西斯那雙引擎六人座輕型航機返回首都馬尼拉，而航程中途的瑪斯貝特省（Masbate）機場塔台於午後四時接獲該機求救訊號，顯示機上引擎故障並要求緊急迫降，結果飛機後來在該省海岸外一公里的海面墜毀。
該機載有四人，隨行的總統府侍從武官在飛機撞擊海面前跳出，被附近漁民救起，身上有多處骨折。據獲救的侍從武官向菲國媒體說，飛機並未爆炸，但他看見機體沉入海中，正副機師和林炳智都未能及時逃出。林炳智稍早時搭乘該機從馬尼拉飛抵宿霧市，代表菲國總統艾奎諾三世出席一場會議。
投入搜救的海軍人員說，失事海域深約四十六公尺，有一些飛機碎片在海面上漂浮，但尚未找到機身主體。搜救行動已於晚間七時卅分暫停，將於隔天清晨恢復。菲國海軍及海岸防衛隊將徹夜守在失事海域，監看海面狀況。
林炳智現年五十四歲，曾在二○○八年榮獲有「亞洲諾貝爾獎」之稱的菲律賓「麥格塞塞獎」。他在二○○四年曾前往中國福建省晉江尋根。