教育部體育司長王俊權表示，學校合作社不能販售調味乳，只能販售鮮乳，教育部將發文各縣市政府，提醒全國中小學注意合作社所販售或營養午餐使用的飲品，絕不能有黑心奶粉偽製成的黑心鮮乳，學校應要求廠商出具獲國家認證的標章，確認是沒有問題的鮮奶。
南市教育局體健科長吳國珉表示，教育局每年都會審查校園販賣飲品，目前學校員生社僅可販售包括礦泉水、包裝水、鮮果汁、鮮乳、保久奶、優酪乳及豆漿等七大飲品，按理說，過期奶粉製成的飲品不可能出現在福利社。
但為了避免部分學校將這些飲品定位為「保久乳」入侵校園，教育局已針對被檢調公開的公司及其產品通告各校，全面調查是否有採購及販售該等產品，如果發現有採購，將暫停供應、立即下架並回報教育局。
吳國珉強調，會配合衛生局及消保官監控校園食品的販售，同時研議會同衛生單位針對校園鄰近的早餐店或小型零售店所販售的乳製品，建立聯合稽查的可行性。
新北市光榮國中校長楊尚青認為，以營養午養的價格而言，基本上很難提供鮮乳或羊乳，至於合作社販售的鮮乳幾乎都是向大廠商訂購，因此牲畜奶粉風波對學校衝擊應該有限。
但全國教師會秘書長吳忠泰表示，營養午餐有很多食材經過加工，學校防不勝防，希望地方衛生局能夠加強查緝。