外交部約見日本代表 重申我擁有主權
外交部政務次長董國猷昨就此事約見日本駐台代表樽井澄夫，重申中華民國擁有釣魚台主權、中華民國政府不與中國大陸聯手處理釣魚台列嶼問題等立場，並未改變。
外交部發言人夏季昌昨回應媒體詢問時說，香港保釣人士乘坐香港船隻從香港出發，事前未經我們政府的核准，但我們認為香港與台灣都是自由開放的社會，他們在釣魚台島上的舉旗，這是意見的自由表達。此外，我們認為日方逮捕保釣人士，無助整體區域的穩定與安全，日本應儘速釋放香港保釣人士。
馬指東海和平倡議 盼東亞能持續和平
馬英九總統昨則在接見美國戰略暨國際研究中心東亞安全學者專家訪問團時表示，我國支持與肯定美國重新將其戰略重心置於亞洲，希望美方對我國的安全承諾能繼續依「台灣關係法」推動，共同維護東亞和平，而他發表東海和平倡議，就是希望東亞能持續和平。
國安會釣魚台情勢應變小組昨召開第三次會議，除由外交部持續呼籲日方儘速釋放被捕的保釣人士外，也重申不與中國合作處理釣魚台問題的立場；海巡署長王進旺則在會中說明政府堅決捍衛主權，全力保護我方船隻的作為。
我定位「突發衝突」 展現台灣克制作為
府方說明，國安會近來召開三次釣魚台情勢應變小組會議，馬英九均未與會，所以並非總統召集國安會議討論。
據了解，我方將此事件定位為「突發的衝突」，因為政府未同意香港保釣船「啟豐二號」進到台灣的港口，且台灣的保釣人士及船隻未參與此次行動，已對外展現台灣的克制作為。
國安及外交系統分析，整件事情複雜化，在於港澳保釣人士在釣魚台插上中國五星旗及中華民國的國旗，「這些旗子可以引發很多聯想」，這些情況並不是我方希望見到的，因為許多事情反而不易講清楚。
相關人士指出，這次保釣的「過程與言行」，有將問題複雜化及刻意形塑兩岸四地共同保釣氛圍的「謀略」，尤其保釣在台灣屬於易被煽動的民粹性話題；台灣本來未參與此次活動，卻意外地被捲進去，特別是旗子的事，包括五星旗插在台灣的領土上，中華民國的國旗是由港澳保釣人士將其插上釣魚台，令政府的回應作為不僅變得「被動」，能回應的層面也相對有限。