樂生療養院保存爭議曾一度引發激烈抗爭運動。由於樂生療養院位處山坡地，民間團體曾呼籲相關單位撤換捷運機廠位址，但多年未獲回應。監委日前著手調查樂生療養院建物龜裂、工程停工情況，昨天通過監委陳永祥、周陽山、馬以工所提的糾正案。
糾正案文指出，新莊捷運機廠工址原規劃在輔仁大學東側農業區內，但前台北縣長尤清及前新莊市長蔡家福基於土地開發商業利益考量，多次強烈建議新莊機廠移至新莊龜山間的樂生療養院附近，或新莊林口間山谷。
案文指出，台北市捷運工程局獲悉樂生療養院將於九十五年關閉，交通部召集各單位協調，行政院八十三年也同意新莊機廠改設樂生療養院址；新莊機廠因占用大部分樂生療養院所在地，導致青年樂生聯盟、文史團體、專家學者及社會各界強力反對，數度引發衝突。
案文中指出，新莊機廠「選址不當」是最根本關鍵錯誤，開挖時要以極端工程手段解決新莊逆衝斷層等地質先天不良問題，衍生預算驟增八十五億元、時程延宕八十八個月及工程安全不確定等後果，政府與社會付出慘痛代價，新北市政府及台北市政府捷運工程局難辭其咎。
監委指出，台北捷運工程局未確實審核設計圖說，輕忽四十公尺高度大規模山坡地開挖風險，只以地錨護坡，強度不足，導致樂生療養院續住區與新院區部分建物地坪裂損，工程因此全面停工、重新檢討補強，徒遭物議。
監委調查後認為，衛生署暨所屬樂生療養院移交施工用地及遷離院民明顯不力，導致工程延宕，也有怠忽失職之處。
