國安人士同時透露，香港保釣船啟豐二號成功搶灘，並在釣魚台插上我國國旗，台灣民間保釣情緒因而高漲。但據我方掌握情資，啟豐二號的首要目標並非保釣，而是藉此在國際間塑造兩岸四地聯手宣示釣島主權的印象，「將中華民國國旗當做統戰工具」。
國安人士表示，我方向日、美說明的最重要內容，為釐清台灣絕未一邊倡議和平，一邊與大陸聯手保釣。據轉述，我方向兩國說明，台灣從未參與或援助啟豐二號的行動；儘管啟豐二號行動導致民粹氣氛升高，我政府承擔強大壓力，但我方仍堅持以維持區域和平為最高原則。
我方並表示，釣魚台問題絕非短暫時日可以解決，相關各方必須正視爭議，才能擱置爭議，日本也不應受制於國內壓力就採取強硬行動。在第一時間的逮捕行動之後，日方對國內輿論已有交代，應即刻釋放保釣人士，以免刺激北京。
國安人士並透露，我方確實注意到北京有意藉此事在國際間營造兩岸四地聯手爭主權的印象。
據了解，啟豐二號抵台中港時幾度試圖靠港，有意造成與我方合作的表象。海巡署力阻之後，堅持在外海進行物資補給；且為避免國際間認定台灣政府支援甚至與啟豐二號合作，海巡署更先確定啟豐二號油料足以安全返回香港，並決定不提供油料補給，徹底與啟豐二號劃清界線。
國安人士不滿地表示，北京希望用此方式向日方施壓，「連中華民國國旗都被當成統戰工具」，卻徒然升高緊張情勢。
該人士分析，後續政府仍須積極說明，使民眾了解民粹無助於捍衛領土主權，台灣也絕不可能與大陸合作保釣。
國安人士同時透露，應變小組會議由國安會主導，周三及周四的會議，馬英九總統均未參加。但相關決議係依照馬英九指示力求區域穩定的方向進行，並隨時向馬英九回報進度。