對於宇昌案簽結，民進黨前主席蔡英文今（15）日表示，這是司法對她做了一次最嚴格的檢查；她批評，國家機器不當使用政府的文件，甚至於變造政府的檔案文件，來刻意的抹黑一個候選人，這是最惡質的地方。
蔡英文表示，他們曾經做過詳細法律檢討，確保該案法律上是沒有問題的。而這次宇昌案簽結，蔡英文認為，是司法對她做了一次最嚴格的檢查。
她認為，問題不在於有沒有還她一個公道，而在於國民黨及其候選人操弄下，造成台灣民主的傷害。她要問，誰還給選民一個公道？也希望大家記取教訓，下決心來改變台灣惡質的政治文化。
對於媒體詢問馬英九有無必要對生技業所受的傷害道歉？蔡英文則說，執政者沒有協助產業，反而利用選舉的操作，對整個生技業造成了很大的傷害，就執政者而言其實是失責的。這不僅是道歉問題，而是整個社會對政府執政的能力，及政府對於產業的責任感的問題。
對於國民黨認為他們沒有抹黑的回應，蔡英文表示，有沒有抹黑，民眾都看得很清楚。她說，變造文件，企圖影響大眾的觀感，這都是很明確的事實。選舉期間，民眾也共同見證國民黨鋪天蓋地，運用媒體的扭曲；如果國民黨不能反省，還想輕描淡寫的將此事帶過，她相信選民對於國民黨會很失望的。
至於中國時報今日報導，前經建會主委劉憶如，曾於今年7月初向中國時報記者透露，當初是應行政院要求對宇昌案啟動行政調查，且是當時閣揆、現任副總統吳敦義口頭指示她進行調查的。蔡英文批評說，國家機器不當使用政府的文件，甚至於變造政府的檔案文件，來刻意的抹黑一個候選人，這是最惡質的地方，社會都應該好好思考，公務員或政務官應有的責任。
同時，民進黨發言人林俊憲今日也針對宇昌案簽結發表聲明表示，國民黨為求勝選，不惜動用整個國家機器來抹黑特定候選人和科學家，傷害台灣生技產業，致使產業崩盤。因此，包括馬英九在內所有在宇昌案期間曾造假、抹黑的人，都應該向台灣的生技產業道歉。
林俊憲也表示，從雪隧、南科、高鐵等建設到宇昌案的發展，可看出民進黨一路推動對國家有利的建設，而國民黨因為拿不出政績，只能用不實資料打擊對手。在大選後期，國民黨對宇昌案的討論已不是對真相的追討，而是將此案影射為貪汙案件，可說是台灣民主發展史的汙點。
此外，對於中生納入健保議題，蔡英文則表示，這個問題需要被討論，需要一定共識凝聚的過程，因為它一定程度牽涉到社會整體資源使用的問題。