牽涉國發基金投資生技產業的宇昌案，在今年總統大選期間成為藍綠爭論焦點。特偵組從今年1月起分別傳喚相關人員，另配合7月間中研院舉行院士會議，請返台院士何大一、陳良博作證，最後在7月下旬傳喚民進黨主席蘇貞昌、蔡英文。
特偵組整理出「宇昌案外界質疑問題說明對照表」，將宇昌案分3個區塊、27項問答，詳細對外說明調查重點。
根據特偵組調查，蔡英文家族投資宇昌公司的資金，都是自有資金，如期、如數匯入相關帳戶的款項，沒有中飽私囊或非法濫用。
檢察官根據中研院院長翁啟惠、院士陳良博等人證詞，認定宇昌公司初期原屬意何大一擔任董事長，但受限他久居美國及台灣法令，投資團隊才決定找蔡英文，蔡英文辭去副閣揆一職後擔任宇昌董事長，期間未違旋轉門條款，宇昌案也不是蔡英文自導自演、預留退路。
對外界質疑蔡英文家族出售股權賺暴利，檢察官傳喚潤泰負責人尹衍樑作證，尹證稱「因蔡英文跑去當民進黨主席後棄公司於不顧」，他為讓相關生技投資能接續，於是購買蔡英文家族出售的股權。檢察官調查後認為相關股票買賣未逾市場合理價格。
此外，檢察官調查相關卷證後，採信前經建會主委何美玥的說法，認為宇昌案當時以「極機密」處理，是確保國家利益，並無不法。檢察官也認為國發基金挹注宇昌初期，國發基金董監席次不足，確為何大一等人久居海外、相關手續辦理時程有落差，並無不法。