太魯閣峽谷馬拉松於民國89年首度舉辦，當時太管處為提供民眾不同的國家公園體驗機會，並鼓勵慢跑健身，除42公里全程和21公里半程馬拉松組外，還有5公里的全民健跑組，讓一般民眾也能下場慢跑。
太管處表示，太魯閣馬拉松越辦越盛大，國際知名度也越來越高，報名參加人數逐年增加，更吸引大批國際知名的馬拉松好手參加，去年參賽的國際選手多達22國、326人，而參加全民健跑組人數也有數千人。
全民健跑組人數眾多，已達到當初鼓勵慢跑健身的目標；不過，太管處發現，全民健跑組因人數過多、隊伍拉得太長，對於正式比賽的全程及半程馬拉松賽事造成影響。
太管處在開會檢討時，出現讓太魯閣峽谷馬拉松朝專業賽事方向發展的意見，最後經討論決定，今年的太魯閣馬拉松取消全民健跑組，只舉辦全程馬拉松和半程馬拉松，朝專業馬拉松賽事跨出第一步。
至於一般民眾喜愛的全民健跑部分，太管處表示，如果民眾對於5公里全民健跑仍有強烈需求，太管處將再研究規劃另找時間，在太魯閣遊客中心台地附近辦理全民健跑活動。