這份協議架構性強，其中多項備受各界關注。
首先，第2條指出，本協議適用一方投資人在另一方於本協議生效前或生效後的投資，這是對台商權益保護「溯及既往」的規定。
其次，按照第12條，雙方關於本協議解釋、實施和適用的爭端，應依「海峽兩岸經濟合作架構協議」第10條規定處理。也就是說，在政府對政府（G2G）爭端解決方面，雙方應儘速達成協議，未達成協議前由雙方協商解決或透過兩岸經濟合作委員會解決。
第三，在投資人與投資所在地一方爭端解決（P2G）方面，依第13條，可由爭端雙方友好協商等5種方式解決。
第四，在投資商務糾紛（P2P）方面，協議明定可採仲裁方式解決，當事雙方可選擇兩岸的仲裁機構及「當事雙方同意的仲裁地點」。雖未納入國際仲裁機構，但若經雙方同意，仲裁地點似可在兩岸以外。
由於這是一份架構性高的協議，有些部分還待後續完成。例如兩岸投資爭端解決機構為何，尚待協議生效後，經雙方確認並書面通知。
值得注意的是，這份協議是兩岸雙方都適用的協議，不僅是台商保護協議，因此所規定的事項將是兩岸相互適用。
例如第2條第4款規定，「一方可採取、維持或執行其認為必要的任何措施，以確保其重大的安全利益」。不只是台灣可以採取措施保護安全利益，大陸同樣也可以。
又如第3條指出，「一方應確保給予另一方投資人及其投資公正與公平待遇，並提供充分保障與安全」，也不僅是大陸對台商要如此，台灣對大陸也得公平。
同時，這項規定雖允許一方可於一些情形下採取或維持對投資的限制措施；「但一方應逐步減少或消除該等不符措施」，這對大陸來台投資將有長遠影響。
而且這項共識還在24小時通報前列入「雙方將依據各自規定」一語，使得機制的落實有待大陸方面的誠意。