兩岸海關合作協議主要參考台灣與美國、菲律賓、以色列、印度、越南簽署的關務互助協定，以及大陸對外簽署的關務互助協定。
財政部關政司司長王亮表示，兩岸海關合作協議在第3章第8條明列12項合作內容，是台灣與其他國家簽署的海關合作協議所沒有的，是這項協議最具兩岸特色的部分。
財政部評估，兩岸海關合作協議有4大效益，包括建立溝通平台，解決通關問題；便捷貨物通關，降低營運成本；合作打擊走私，維護貿易安全；落實執行貨品貿易協議，促進經濟發展。
12項合作內容中，有多項與兩岸經濟合作架構協議(ECFA)貨品貿易相關。其中「建立與ECFA貨品貿易有關的海關電子資訊交換系統」，王亮表示，ECFA貨品進出口需要原產地證明書，現行使用的紙本易偽造，未來電子化後，一方面便利查證，亦可逐步走向無紙化，有助防範偽造。
合作項目中的優質企業 (AEO)相互承認和快速通關，以及應用無線射頻識別技術
(RFID)跨境貨櫃監管，可降低企業營運成本，並確保進出口貨物全程安全。
AEO制度是透過企業自主管理，降低抽驗頻率；RFID則是貨物的電子化通關。
什麼是RFID？旅客進出台北捷運閘門使用的悠遊卡就是RFID技術最常見的商業應用。貨櫃通關也像旅客進出捷運閘門一樣，如果是人工驗票，速度慢；使用電子感應，通關速度可加快。
資深海關指出，傳統貨櫃封條只能用人工一一檢查是否確實封櫃，封條是否被破壞。採人工檢查通關的貨櫃，若被抽驗，先要開櫃檢查，再裝船；到了目的地港口，同樣要吊櫃、開櫃、裝回。
吊櫃、拆櫃不僅花時間，也花錢。平均來說，抽驗拆櫃一次的成本是新台幣8000元。
改用RFID電子封條取代傳統封條後，資深海關指出，只要貨櫃車以時速70公里以下的速度行駛，通關不用停等，無線電波可立即偵測電子封條是否被破壞，連帶減少抽檢頻率。
資深海關表示，電子封條的另一個作用是打擊走私。電子封條資料可放在跨境平台，兩岸簽署合作協議後，只要進出口港口都建置RFID，例如從台中港出口的貨櫃抵達廈門港時，廈門海關只要從跨境平台抓資料，核對無誤，即可放行。
不過AEO相互承認和RFID跨境監管並非協議簽署生效即可執行，還待兩岸海關平台後續協商，簽署合作備忘錄。資深海關指出，若能完成，可說是物流的終極理想。
第8次「江陳會」是指海峽交流基金會董事長江丙坤與中國大陸海峽兩岸關係協會會長陳雲林的兩岸制度化協商。