「海峽兩岸海關合作協議」和「兩岸投資保障和促進協議」是兩岸經濟合作架構協議(ECFA)後續協議中，最早完成簽署的兩項協議。
財政部表示，海關合作協議內容參考國際間簽署的關務互助協定，並考量兩岸海關有關規定及兩岸經貿往來情形研擬，以符合現行關務法規為基礎，不涉及後續修法。
海關合作協議除序言外，包含總則、海關程序、海關合作、請求程序及其他共5章、17條條文。明定雙方海關應賦予利害關係人對海關申請行政救濟的權利。
財政部關政司司長王亮表示，兩岸受影響廠商都可向政府申請行政救濟，但實務上以台灣進出口商向台灣海關申請行政救濟、大陸進出口商向大陸海關申請行政救濟的可能性較高。
協議明定12項合作內容，其中與ECFA相關合作項目包括，為正確核估ECFA貨品貿易進口貨物關稅，提供及查核關稅估價、稅則分類及原產地認定有關資訊；建立與ECFA貨品貿易有關的海關電子資訊交換系統；相互通報有關海關規定。
其他合作內容有多項與打擊走私及便利通關有關，包括提供走私及其他違反海關規定行為的情報資料；海關監管應用無線射頻識別技術（RFID）；逐步實施AEO相互承認及給予通關便利等。