總統府發言人范姜泰基轉述馬總統立場表示，媒體披露本案後，馬英九即指示國防部妥善處理，也提醒國防部注意外界對於懲處是否合於比例原則的關切。馬英九強調，國軍將才養成不易，國防部應詳實調查，毋枉毋縱，還原真相，對外說明清楚。
范姜泰基也駁斥，部分人士誣指此案與「東海和平倡議」有關，批評海軍媚日，完全都不是事實。他指出，「東海和平倡議」屬國家重大外交政策，公布前除少數參與研議的政府國安、外交高層人員外，對外嚴格保密，海軍相關單位在進行一六八艦隊相關懲處案時，根本不知馬英九將發表「東海和平倡議」，外界將兩件風馬牛不相及的事混為一談，曲解因果關係，完全與事實不符。
高華柱在記者會中表示，國軍會檢討缺失、知恥知病，國防部專案小組在完成調查後，將會在今天下午對外說明調查結果，對於該還清白者還其清白，當受懲處者應坦然接受懲處，他深知「求勇敢之將易、求廉正之將難」，培養將領非常不容易，「我們非常遺憾，所以希望調查結果符合大家需求。」
不過移送軍法的部分，軍法司長周志仁中將則說，由於張鳳強案已移送，軍檢並已立案偵查，軍檢不容許隨便一個案件就沒有了，特別是調查案件已進入電腦系統，任何人都沒有權力可以撤掉，希望外界讓軍檢署依照職權完成調查程序，最後一定會把真相公布出來。
至於外界關切張鳳強遭重懲疑有外力施壓和人事鬥爭因素，高華柱仍強調，軍方處理張鳳強案，從頭到尾核心都在紀律問題，懲處絕無個人好惡和外力關切施壓，軍種間也沒有扞格，「大家都是一家人」，跟外界懷疑的政治、壓力、媚日等因素毫無關聯，更與總統八月五日所提的「東海和平倡議」無關。
高華柱說，他在總統公布這項倡議前並不知悉，而此案調查初期也根本未曾向國安會報告，亦無向外交部查證，他以人格保證，若所言如果不實願意辭去職務。
高華柱在記者會中說，經國防部調查，原本以為只涉張鳳強的演習部隊紀律問題，後來發現連裁判、統裁部與指導小組都有問題，包括參謀本部有無去看過，這次演訓發現問題後，將建立一套標準制度，他已要求海軍出身的參謀總長林鎮夷、副參謀總長高廣圻訂立更嚴格的演訓標準，以達到訓練目的。