針對前海軍168艦隊長張鳳強少將因指揮操演越界遭懲處被外界批評懲處不當一事，國防部長高華柱今（8）日上午已對外公開道歉，而總統府下午也發布新聞稿澄清指出，有部分人士誣指該案與「東海和平倡議」有關，並批評海軍「媚日」，事實上，「東海和平倡議」屬於國家重大外交政策，公布前除少數參與研議的政府國安、外交等高層人員外，對外嚴格保密，將2件風馬牛不相及的事混為一談，曲解因果關係，完全與事實不符。
總統府的新聞稿指出，該懲處案在媒體披露後，總統馬英九即指示國防部妥善處理，也提醒國防部注意外界對於懲處是否「合於比例原則」的關切，國軍將才養成不易，國防部應詳實調查，毋枉毋縱，還原真相，對外說明清楚。馬英九身為三軍統帥，對該案當然關心，但仍應尊重國防部本於專業與法令所進行的調查。
府發言人范姜泰基表示，馬英九從大學時代起，就關心釣魚台列嶼主權問題，積極參與保衛釣魚台運動，40多年來，始終如一。因為不論從歷史、地理、地質、使用及國際法等角度，都可知釣魚台列嶼是臺灣的附屬島嶼，中華民國固有領土，在行政管轄上屬於宜蘭縣頭城鎮大溪里，這是馬英九捍衛釣魚台列嶼主權的一貫堅持，不容任何扭曲。
范姜泰基還說，由於中華民國認同聯合國憲章和平解決國際爭端的規定，所以，馬英九一向主張處理釣魚台問題應當要秉持「主權在我、擱置爭議、和平互惠、共同開發」的原則處理。正因為馬英九考慮到東海區域安全可能因領土爭議陷入不穩定狀態，才提出「東海和平倡議」，呼籲相關各方降低對立，擱置爭議，以和平方式處理爭端。
至於，在海軍168艦隊事件上，有部分人士指其與「東海和平倡議」有關，並批評海軍「媚日」，總統府表示，「東海和平倡議」屬於國家重大外交政策，公布前除了少數參與研議的政府國安、外交等高層人員外，對外嚴格保密。海軍相關單位在進行168艦隊相關懲處案時，根本就不知馬英九將發表「東海和平倡議」，外界將2件風馬牛不相及的事混為一談，曲解因果關係，完全與事實不符。
另總統府強調，168艦隊越界所在海域，是距離日本與那國島最近13.2浬的水域，並未進入日本領海，距離我國釣魚台列嶼最近52浬，根本就與釣魚台問題無關，不能連最基本的地理事實都不清楚就妄加批評。