海洋大學的海調船「海研2號」5日在靠近釣魚台的台日爭議重疊海域進行研究作業時，遭日本海上保安廳的飛機警告，「海研2號」因此縮短作業時間，提早返航。事後日本海上保安廳表示，外國船隻須事先取得日本政府同意，才能在日本專屬經濟海域進行海洋調查。
外交部表示，「海研2號」當天是進行例行的海洋調查研究，並且是在台灣的專屬經濟海域之內，不應該受到干擾，外交部會針對台日經濟海域爭議持續與日方協商。外交部發言人夏季昌：『(原音)我們希望相關各方都能夠理性克制，畢竟對於科學研究的工作，不應該受到其他因素干擾，這部分我們會與日方進一步溝通協商。我們希望未來海洋調查工作都不應該受到其他海洋因素干擾。』
外交部指出，政府一直與日方就釣魚台相關議題進行溝通，但是有些問題不是短期內能夠解決。外交部再次呼籲各方保持理性克制，並且支持馬英九總統提出的「東海和平倡議」，擱置爭議，透過溝通對話，和平解決釣魚台問題。