日本媒體報導，海洋大學轄下研究船「海研2號」昨（5）日下午1時05分左右，被日本發現出現在沖繩波照間島南南西方的日本專屬經濟海域，遭到日本海上保安廳的飛機警告。外交部亞東關係協會副秘書長蘇啟誠今（6）日證實這項消息，不過他強調「海研2號」所處海域也是我國的200海里專屬經濟海域，台日雙方主張有所重疊，目前還在協調當中。
日本《讀賣新聞》報導，日本海上保安廳的飛機在昨天下午發現海大的「海研2號」海洋調查船，出現在日本沖繩縣竹富町波照間島南南西方約94公里處，該處是日本的專屬經濟海域。
報導指出，海上保安廳飛機以無線電詢問「海研2號」的航行目的，得到的回應是「水質調查」；而海上保安廳人員則警告說：「在我國的專屬經濟海域，未經同意，不得進行海洋調查。」不過並未獲得「海研2號」的回應。
對此，這次海洋調查計畫主持人、海大終身特聘教授兼海洋生物科技及環境生態研究中心主任龔國慶表示，「海研2號」調查團隊的出海目的主要是研究蘇拉颱風對台灣東部西北太平洋海域海洋生物和生態系統的影響。
龔國慶指出，「海研2號」在到達第9個測站，也就是離琉球波照間島60海里處時遭到警告，原本預計需停留10小時的調查作業只能提前結束，今天下午就會返回基隆港，將比預定調查時間提早了整整一天。他表示，海大的調查船出海時常遇到日方警告，尤其是行經釣魚台附近海域。
蘇啟誠則是接受《中央社》電訪時表示，「海研2號」所經過的海域也是我國主張的200海里專屬經濟海域，換句話說台日雙方所主張的專屬經濟海域有所重疊，目前雙方正在協調當中。