前行政院祕書長林益世被控索賄案爆發後，外界質疑高雄市環保局對地勇公司禁料公文反覆。最新出刊的週刊指李穆生利用在一次餐會「暗示有業者要給他（李穆生）5000萬元封殺地勇」，暗指李穆生索賄。李穆生請辭自清，並向高雄地檢署控告週刊。
陳菊先透過高雄市政府發表聲明表示，林益世索賄案爆發後，高市府第一時間就交由政風單位調查環保局行政有無涉不法，「本人一再強調不包庇護短，亦不接受抹黑栽贓。相關事證請政風處依規定持續追蹤辦理，並函請廉政署查處」。
陳菊下午主持蘇拉颱風災害應變中心工作會議後答覆媒體詢問時進一步表示，李穆生請辭是出於自願，李在地勇案發生後，飽受壓力，市府也因為地勇案威信受傷害。她同意李用請辭、不戀棧的方式自清，也支持李對媒體或特定人士的不實指控提告。
陳菊說，被指索賄是很嚴重的指控，希望任何指控都有事實和根據。
高雄市政府政風處已完成環保局處理地勇案的調查報告，但沒有公布。陳菊說，如果政風處調查後認為有問題，可以送廉政署，如果沒有問題就簽結。