隨著新捷運路網紛紛跨越淡水河興建，工程所帶來的交通衝擊及混亂，也讓雙北合作出現更複雜的面向，甚至成為藍綠角力的議題。
民進黨主席蘇貞昌任台北縣長時，捷運環狀線採BOT方式推動，周錫瑋當選縣長後，環狀線BOT改公辦且委由台北市政府捷運工程局興建。當時台北縣政府的捷運工程隊也改組成交通局下的軌道科，人數維持在22人左右。
為加速推動3環3線政見，以及爭取未來10年捷運工程進度的主導權，新北市長朱立倫宣示成立捷運工程處，軌道科又將改成捷運處，3年內要擴充員額到162人，擴張幅度約達8倍。現在也傳出，新北市已開始向北高兩市的捷運局搶人。
根據新北市交通局的規劃，雙北的捷運建設，由台北市捷運局「主辦」，新北市捷運處「協調辦理」，不過新北市捷運處卻可「主導境內捷運建設」，有新北市議員擔心這樣的模式恐埋下雙北合作的不確定因素。
民進黨新北市黨部主委羅致政表示，「主導」與「主辦」不同，但新北設捷運處，多少能爭取到更多主導性，總是好事一件，兩市也可出現新的競合關係。
只是台北捷運事涉跨市合作，以人才挖角為例，就恐造成雙北合作摩擦，而新北市捷運處的組織、預算規模等，仍待明確，新北市成立捷運處能否營造雙贏、讓日後新的捷運路線更加合理規劃，考驗雙北市府的智慧。