每年限制三五○公噸
漁業署從二○○八年起管理飛魚卵，要求漁民每年只能在五月十五日到七月三十一日出海作業，總量限制在三五○公噸。
曾獲選模範漁民的「蝦冰蟹醬」負責人薛麗妮指出，農曆三月「媽祖生」後，中國漁船就出海採捕飛魚卵，每年約有千艘，除在共同海域作業，也常越界捕撈，去年就發生中國漁船把台灣漁民放在海面上、用來誘使飛魚下卵草包割走。前年飛魚卵盛產，台灣七月初即達管制總量，中國卻繼續作業，當年就有中國單一廠商收購八百公噸以上魚卵，也造成當地市場價格崩盤。
薛麗妮強調，當初因蘭嶼飛魚資源銳減，才管制飛魚卵，但東北角的飛魚與蘭嶼的不一樣，卻因當時缺乏研究，做成粗糙的決策。
學者籲納入兩岸協商
海洋大學海資所助理教授王世斌表示，吃魚卵向來被認為不保育，況且飛魚卵是其他海洋魚類的食物，管理有其必要。宜蘭大學動科系助理教授陳永松則認為，採捕限量可以寬鬆一點，鼓勵漁民誠實申報，累積十年的資料，就可訂出採捕的合理量。
王世斌強調，兩岸政府必須共同管理跨界資源，否則單方面的努力不會有成效。陳李農改團隊執行長杜宇說，不僅飛魚卵，烏魚、烏魚子、鰻苗等也造成兩岸漁民衝突，因此漁業法規、漁具、漁業資源的增殖與放流等都應納入兩岸協商。
官員：已爭取但未排入
漁業署副署長蔡日耀解釋，兩岸漁業合作須透過「兩岸兩會」程序處理，漁業署曾希望漁業資源部分納入會談，但至今未被排入。至於中國漁船越界捕撈，海巡單位會強力執法，而採捕限量去年已從三百公噸放寬至三五○公噸。