請辭獲准的周功鑫在故宮院長任內爭議事件不斷，二○○九年二月，她以國立故宮博物院院長身分出訪北京，接受北京故宮院長鄭欣淼稱呼為「同仁」，被質疑遭矮化還沾沾自喜。
隨後不久，她又爆發上海置產的爭議。原來周功鑫於一九九九年以展覽組長職務自故宮退休後，一家人都佔居故宮職務宿舍逾十年，在台完全沒有置產，卻被發現周功鑫與夫婿凌公山各在中國上海精華地段擁有辦公室（寫字樓）與豪宅，粗估價值逾六千萬台幣，民進黨立委管碧玲質疑周功鑫的國家認同究竟為何？就連國民黨立委都覺得不妥，沒想到周功鑫卻說如果行政院同意讓她以私人身分前往，她願意把上海房產處理掉，但馬政府第一任期結束，周都沒處理房產問題。
○九年十月卅日，原任職故宮法制人員的張英傑，具名在立委吳育昇網站上張貼一篇名為「大砲打小鳥」的文章，指出因欲以監事身分查核消合社相關帳冊資料遭拒，原欲拜訪院長周功鑫尋求解決，周卻大怒把他轟出辦公室。緊接著就有調查員到故宮約談他，張英傑說他被告知約談理由是「有人假冒檢調人員，恐嚇院長」。「大砲打小鳥」事件後，張英傑在院內一直被轉調，沒多久就離開故宮。
去年十一月，故宮爆發內賊盜賣「復刻版」國寶的重大弊案，助理研究員陳耀東涉嫌盜取《龍藏經》、《永樂大典》等上千件國寶級文物數位影像檔，賤價轉賣至中國，獲利上千萬，廉政署推估故宮損失的無形授權金，恐高達上百億元。