國防部指出，陸軍金防部戰地政務委員會於民國五十一年至五十六年在臺購置土地興建眷舍，權屬國有，管理機關為陸軍司令部，並非由金門縣政府購置，六十三年基於「管用合一」原則，移由陸軍總部再轉國防部總務局接管；「戰地政務」解除後，金門縣縣政諮議會代表向監察院陳情索還土地，並做成調查意見，由行政院交議財政部召開會議研商，決議不宜移交金門縣政府，經金門縣政府再提申訴，由財政部再度召開會議研商，請國防部修正「金馬地區各級戰地政務機關清冊財產人員移接處理方案」，於九十二年專案將中和五眷村土地移交金門縣政府接管，九十三年奉行政院核定依「國軍老舊眷村改建條例」第九條及第廿七條規定自辦改建，改建完成後騰空土地由金門縣政府運用。
國防部進一步指出，依「國軍老舊眷村改建條例」第三條規定，中和五眷村原眷戶均領有前「國防部總務局」核發的居住憑證，且報奉行政院核定列入「國軍老舊眷村改建總冊」，依法辦理改建，安置原眷戶，並無不當之處，且自八十二年金門縣前縣長陳水在承諾以更優惠條件安置原眷戶以來，金門縣政府同意安置原眷戶立場，均未改變，陳議員前向監察院檢控，已約詢國防部承辦單位人員說明，現正審理中，初步清查，並無不法情事。
陳議員指稱有七位退役將官是佔住戶，經查只有五位是退役將官，其中一位因重複承受其父親及配偶權益，一位於七十六年調配眷舍予他人，並未核配「復興新村改建基地」新建住宅，其餘五位皆領有合法眷舍居住憑證，符合原眷戶資格，依法享有改建權益。
國防部強調，國軍執行眷村改建政策，均秉「依法行政」原則辦理，陳議員未向國防部查證，逕自認定相關人員涉嫌貪瀆，並具狀提告，國防部甚表遺憾，後續仍保持一貫立場，於法律規定範圍內，維護眷戶最大權益，密切協調金門縣政府，嚴謹辦理後續改建作業。