民國103年十二年國教推行後，國中基本學力測驗、申請、考試分發等制度將廢除，簡化為「免試入學」及「特色招生」兩管道。前者以學生國中3年的表現為依據，部分競爭激烈的學校，申請者比名額還多，就要動用到「超額比序」。
以人數最多的基北區來說，免試入學超額比序的項目包括多元學習表現（細項包括獎懲紀錄、服務學習等）、會考成績、志願序，若仍篩選不出來，則以電腦抽籤。此舉引起各界批評，認為抽籤不符公平正義原則。
國教行動聯盟昨天到立法院及教育部陳情，提出改良會考制度「一考兩用」的新方式，獲得多名中央研究院院士、大學教授連署支持，媒體廣泛報導，引起許多討論。
國教行動聯盟發言人王立昇受訪表示，教育部規劃的國中會考採3級制（精熟、基礎、待加強），部分學校恐怕無法篩選學生，建議比照基測分80級，或以原始成績分級，作為免試「超額比序」的依據，取代爭議的獎懲、服務學習、抽籤等方式。
然而，教育界另有一派認為，此舉無疑是破壞了十二年國教的精神。全國家長團體聯盟十二年國教民間辦公室執行長謝國清表示，國中會考的設計精神，是用來檢測個人學習表現，而非當作篩選學生的依據，因此才會只分為3級。如果分成80級或原始分數，無疑是走回基測老路，「絕對不可行。」
教育部中教司長張明文則表示，十二年國教已開始宣導，「大方向」不會改變，會考傾向維持原設計，但若各招生區有其他考量，可部分「微調」，作為配套方案。
張明文說，教育部規劃103年的十二年國教，已跨出基測「獨尊智育」的一步，「這樣的努力要維持」。
教育界對於少子化趨勢的影響，都了解未來高中職的招生量將大於國中畢業生數，除了少數傳統明星學校，其他社區高中根本不需要篩選學生，填了就上。此一趨勢近幾年已逐漸發酵，保守估計想搶進名校的學生，至多不超過3成，其餘7成都可依興趣就近入學。
過去基測的設計，獨尊國文、英文等智育成績，逼迫7成的多數，跟著3成的少數走為菁英學生量身打造的考試制度。國中為了交出漂亮的升學成績單，教學也以學科為主，忽略了體育、美術、群育等項目，國三生日日夜夜忙著補習、晚自習，為了一次基測考試白了少年頭。多少青春年華、創造力潛能，就在不正常的教學下消磨殆盡。
熟悉教育制度的人士認為，國教行動聯盟代表社會一部分聲音，他們普遍是考試制度的優勢族群。當然菁英教育仍有必要，建中、北一女等名校傳統仍有重要價值，但這應只限於不到3成少數人，他們可以透過「特色招生」進入理想學校，而十二年國教的制度設計，應為7成的多數人著想，不該讓少數綁架了多數。