國民黨發言人馬瑋國指出，馬吳競選總部與國民黨的黨務收支，一切依法據實申報，可供民眾清楚檢驗。今年一月大選是首度總統與立委合併選舉，各政黨皆有加強業務所需經費支出。
不過，以過去三年國民黨申報的辦公經費支出額度相較，九十八年度為九．七億元，佔總支出的三成七，九十九年增為十．四億元，佔總支出的比率也維持在三成六，但到了去年的總統大選年，辦公經費卻暴增為十六．八億元，較前一年度淨增六．四億元，佔總支出的比率也高達四成七，居去年各項黨務經費支出額度之冠。
由於過去三年都算是選舉年，九十八年有縣市長等三合一選舉，九十九年有五都市長選舉，一百年則是總統與立委選舉年，但唯獨去年辦公經費的額度不尋常地偏高。
民進黨發言人林俊憲質疑，國民黨辦公經費從前兩、三年的九到十億，去年暴增到十六．八億，顯示國民黨是拿黨產打總統大選，用黨產投入選舉，造成不公平政黨競爭。
林俊憲說，馬英九向監察院只申報四億多元的政治獻金，實際上很多花費都用黨產支應，把選舉經費刻意隱藏在國民黨的支出內，顯示只要國民黨產存在的一天，就是台灣民主政治羞恥的一天。