吳門忠近日多次在媒體公開表示，其住家因發生火災，被檢方以公共危險罪名起訴，而吳敦義以「司法獨立」為由拒絕關說後，他與吳敦義的交情就逐漸轉淡；吳敦義日前也表示，他與吳門忠因某案件而漸行漸遠，兩人口徑一致，均強調這幾年兩人並無太多交集，更無交情可言。
近日某政論節目名嘴並指出，吳門忠在吳敦義婉拒關心其司法案件後，改支持綠營的林宗男及林耘生父子。對於吳門忠是否由藍轉綠？已故南投縣長林宗男的遺孀（前立委林耘生的母親）朱雪麗表示，林耘生兩度參選立委，吳門忠並未擔任競選幹部，也沒有助選。
林宗男、林耘生輔選大將洪登宜則透露，吳門忠在民國九十四年林宗男競選縣長連任時，曾擔任後援會或顧問團長之類的幹部，確實挺林宗男；民國九十七年，林耘生與吳敦義競逐烏溪線立委席次時，吳門忠是「惜情」的人，念及他與吳敦義的舊情，不敢插手管選舉之事，雖未大力贊助吳敦義，但也未挺林耘生。
據草屯地方人士表示，當年年初吳敦義連任立委，九月七日即為吳門忠女兒及程彩梅的兒子證婚。