財政部評估，證券交易所得稅「修正動議版」在 5個版本中衝擊最小，加上長期持有優惠，初次上市上櫃(IPO) 股東持股逾3年，繳交稅率僅3.75%，可兼顧經濟繁榮與公平正義。
「修正動議版」的「設算所得制」為台股8500點以上才課徵證所稅。財政部評估，台股指數過去多數時間在8500點以下，以8500點為課稅起點「形同實質緩課」；興櫃股票由50張放寬為出售100張以上才課稅，80%投資人不會被課稅。
協商後的「修正動議版」規定，民國102年到103年證所稅採「設算所得」與「核實課徵」雙軌制，其中「核實課徵」對象為102年以後掛牌的初次上市上櫃（IPO）股票首次出售10張以上、未上市櫃或賣出100張以上的興櫃股票，分離課稅15%，長期持股滿1年以上減半課徵。
經濟成長率面臨保2%危機，工商界除了以時機不宜反對證所稅，台灣積體電路公司董事長張忠謀還反對證所稅與企業「最低稅負」稅率調升綁在一起。
不過，財政部態度堅定。財政部表示，調整最低稅負稅率2個百分點可提高享有免稅優惠企業對國家的貢獻，落實公平正義與縮小貧富差距。
財政部表示，自95年度開始實施最低稅負制，目的就是使享有過多所得稅減免優惠的企業對國家財政能有基本的貢獻。
財政部指出，調升最低稅負稅率只對原繳稅金額比基本稅額低的企業有影響，且多繳稅不完全因為稅率調高，部分原因是企業原享有的租稅優惠逐漸到期。