台北市積欠中央的勞健保費加上計息大約800億元。依北市府與中央就勞健保補助爭議款提出還款計畫，雙方達成「非設籍部分爭議款分5年攤還」、「中央於各年度編列預算提供北市府相對補助」兩項處理原則。
依財政局數據，自民國99年到103年的這項5年還款計畫，截至今年6月底為止，共執行326億元，預計到年底可償還約440億元，占比例55%。
對於中央處理勞健保爭議款「獨厚台北市」的說法，財政局表示，北、高適用基準相同， 並無差別待遇。
財政局表示，中央對勞健保費爭議補助款的對象「非設籍住民」比例的計算基準，是經中央與直轄市政府數度協商取得共識，採計行政院主計處公布的「就業者從業身分統計表」中「自營作業者」及「受私人僱用者」為基準，以此合計設籍人數後，推估直轄市勞健保投保人數中設籍人口所占比例（台北市約43%；高雄市約90%），設算出對直轄市政府非設籍（台北市約57%，高雄市約10%）住民補助款。
財政局官員說，針對爭議部分，就是「在直轄市投保但非設籍於直轄市勞工的勞健保費補助款部分」予以補助。台北市未繳付的勞健保費補助款，就是屬這類爭議款項，至於設籍台北市勞工部分，台北市都逐年編列預算繳付，從未積欠。
財政局表示，中央對北、高二市勞健保費爭議款補助一視同仁。之所以「中央對台北市補助款較多」，是因為台北市非設籍勞工勞健保費補助款爭議金額及所占比例，遠大於高雄市，且台北市爭議款分5年攤還，較高雄市分12年攤還為短，因此每年攤還款隨之增加，中央核計相對補助台北市的金額自然多於高雄市。