不管藍綠立場為何，刑事被告的權益都該受到保護；但特偵組偵辦扁案時，卻是將被告、證人身份隨意轉換。林益世案偵辦也出現類似跡象。對此，前總統陳水扁辯護律師鄭文龍指出，這種「雙掛號」傳訊方式，都已違背刑事訴訟法等程序正義的規定。
林益世貪汙案的特偵組偵辦過程，引起外界關注。雖然司法最強調公正，對被告的偵辦都應採取同一標準；對於被告的人權保障，也不能任意剝奪。不過，以特偵組偵辦扁案為例，前總統辦公室主任林德訓有時以證人身份被傳訊，有時又以被告身份遭傳喚，孰料最後不僅被以貪污共犯起訴，竟也遭判偽證罪。法界人士便認為，這些現象顯示國內司法實務人士，對於程序正義觀念薄弱。
鄭文龍對此即批評說，如果檢方一開始將當事者認定為證人，偵訊後發現其可能涉案，轉換成被告時，這樣的作法是可被接受的。但現在特偵組卻常採取「雙掛號」方式，也就是以證人、被告雙重身份同時偵訊當事人。
「這是違反刑事訴訟法的。」鄭文龍說。他表示，證人是不能拒絕作證、也不能虛偽陳述；特偵組以「雙掛號」方式傳訊當事人，玩法濫權，剝奪被告不自證己罪之權利。甚至搞到最後，檢察官自己也搞不清楚，到底哪一段談話，是用證人或被告偵訊的。
台灣刑事訴訟法規範偵察不公開，但不管偵辦扁案、或林益世案過程中，都有些訊息被刻意放出來；舉例來說，特偵組起訴前總統李登輝當天，雖然本案特偵組要求以機密庭審理，但特偵組還是刻意釋出，李登輝偵訊時曾說，他前國民黨大掌櫃劉泰英「不熟」；有刻意在媒體上型塑李登輝情急下意圖脫罪，離譜說謊的印象。
鄭文龍就說，這就是「要辦你，就把你污名化。」、「檢察官是不能這樣的。」曾有媒體記者看不下去向他爆料，指有些訊息就是特偵組直接餵養給記者，要拿來修理陳水扁。
鄭文龍說，所謂偵察不公開，並不是每件事情都不可對外講，但像林益世「錢燒掉了」的說法，則可能影響偵辦過程，當然不能講。他表示，到底錢是不是燒掉了，查到多少錢，這都可能涉及串供，其實都不應對外透露。
偵查不公開的規定，不僅規範檢警調人員，也規範被告律師。但檢方如果自己放話，在媒體打擊被告，而被告又被收押禁見，被告律師也不得透露偵查過程時，在媒體上就會造成對被告未審先判的負面印象。更誇張的是，鄭文龍還曾因幫扁辯護，遭法務部移送懲戒情形。
對此，鄭文龍認為，如果被告受到不實指控，律師當然具有防衛權，為了訴訟平衡，當然可以對外澄清，這並不違背偵察不公開規定。這也是為什麼律師公會不接受地檢署移送懲戒他的原因。