前行政院秘書長林益世涉嫌貪瀆案後，特偵組辦案藍綠大不同再受質疑。前總統陳水扁辯護律師鄭文龍就指出，光從阿扁出庭搭的是囚車，林益世卻是坐偵防車，就可以看出這種差別待遇。
從2008年特偵組開始偵辦扁案就擔任辯護律師長達4年多的鄭文龍，感觸良多的說，這次特偵組也是辦綠不辦藍；首先，阿扁剛卸任總統，那時還沒有積極證據時，特偵組檢察官就一字排開，宣誓要辦到底；但林益世案一開始，特偵組卻是非常呵護他，甚至連傳訊都不太願意，說依法要先傳告訴人。
其次，鄭文龍說，一般的案件被拘提的多是被告，但林益世案裡卻先抓證人陳啟祥，給人要修理證人，想要看陳啟祥到底還有什麼資料。等知道錄音內容這麼詳細，壓不下去，才不得不辦。
他說，6月26日陳啟祥就已遞出自首狀，但特偵組主任檢察官陳宏達卻說「這算哪門子自首？」。特偵組這樣說，違背了幾十年來法界對自首的看法，「很誇張」。
鄭文龍說，提訊時，林益世坐的是偵防車，但阿扁卻是坐囚車。阿扁一開始就上手銬，林益世卻不用，直到外界質疑後，才給林益世上手銬，並推說是因為當時扁被上手銬後，法務部修改了相關規範；但如果仔細去看，現在一般的被告也都還是被上手銬的。換句話說，特偵組偵辦林益世案時，一開始是把林當作「自己人」來處理的。
至於資金、帳戶的查緝，雖然目前還不確定林益世案特偵組到底追查的多詳細，但就扁案而言，鄭文龍說，從卷宗裡看，連阿扁的九等親的帳戶，例如扁大嫂的子女等等，都被全面徹查。
就涉案的罪名來看，鄭文龍指出，林益世案是典型的藉勢借端勒索，用官威壓人，硬要別人不願給的財物；而扁案曾被追加的「藉勢借端勒索」，卻是特偵組虛偽創造出來的，是檢察官到日本要求辜仲諒作偽證，以紅火案的獲利3億元來咬陳水扁。
再從當事人涉案程度，鄭文龍指出，要錢、談價碼、到拿錢，都是林益世自己本人；但扁案裡，阿扁從來沒有談到錢、碰過錢，唯一跟錢可以扯上關係的僅有吳淑珍一人。
鄭文龍在幫陳水扁辯護時，曾提出「法定職權說」，也就是收賄罪成立的要件，須與總統職權具有一定關連。對此，鄭文龍表示，若以台中市議會議長張宏年電玩案為例，林益世立委任內收受的6300萬元能否成立公務員收賄罪，可能有正反不同說法；但行政院秘書長勒索8300萬元，即便中鋼是民間公司，但仍有官股，且行政院可以指派中鋼董事，具有監督權；因此，林益世可能很難脫身。
就藉勢借端勒索罪而言，鄭文龍說，只要行為上具有這些要件即可，無須跟職權具有一定關連性。再從陳啟祥的錄音帶內容，的確可以看出陳的確心生畏懼，並要以錄音帶自保，最後還躲起來，林益世案確已構成藉勢借端勒索要件。
就偵辦的範圍而論，特偵組偵辦扁案時，幾乎查遍扁總統任內重大政策。鄭文龍說，從國務機要費、海外帳戶、龍潭案、世貿南港會館、外交零用金、陳敏薰政治獻金、二次金改，甚至連公文洩密等事務都查。
但林益世案，鄭文龍說，卻還沒認真查相關的共犯結構。他說，國民黨的貪腐文化有個特色，就是要去「孝敬」上面的人是拿美金，如果僅要分給下面的人，是不必用美金的。因此，合理推論，林益世案應該還有上面的人涉案。但看「X先生」傳聞出來時，特偵組卻相當被動，不願去傳訊吳敦義、曾永權等人。
以二次金改為例，鄭文龍說，特偵組是把涉及的銀行當事人全查了一遍；那涉及中鋼下腳料的所有廠商，是否也該查？他說，下腳料其實是獲利最少的，其他獲利更多的物料要不要也查一查？