行政院大陸委員會副主委劉德勳5月3日指出，南海是中華民國固有疆域，沒有和大陸進行合作的可能性。政府立場非常清楚，站在主權維護立場，「沒有邊可以選，就是中華民國這一邊」。
中新社報導，吳士存在海南海口市舉行的「第十屆海峽兩岸南海問題學術研討會」上，提出兩岸加強南海合作的建議。
吳士存提到的合作方向包括，邀請台灣科研人員到大陸新一代海洋科學考察船「科學號」上，進行南海深水區的資源調查等領域的研究。
兩岸開展南海漁民救助領域的合作，把2009年9月福建和台灣簽署的「兩岸海洋與漁業學術交流與合作意向書」有關共識，擴展運用到南海。
他表示，大陸進駐的南沙美濟礁，位於南沙南部，漁業設施可為台灣的遠洋漁民提供方便。而兩岸還可考慮在太平島、西沙群島、東沙島設立漁民救助機制，為兩岸漁民提供及時救助。
此外，吳士存提及，兩岸學界可在南海生態環保、生物多樣性調查及南海水下考古等領域進行合作，「通過環境保護宣示主權和維護海洋權益」；還可結合豪華郵輪，把三亞、高雄、東沙島、永興島納入觀光行程。
至於油氣開發合作，吳士存表示，兩岸「應力爭在南海北部聯合開發區域獲得突破，並擴大合作領域和範圍」，「可適時將南海油氣開發合作拓展到南海中南部海域」。
吳士存還認為，兩岸可探討建構南海事務性工作的溝通聯絡機制，大陸漁政、海監部門與台灣海巡署「可探討開展聯合巡邏」。
吳士存表示，兩岸也可在南海海上救撈方面加強合作，統合兩岸在南海水域的航船安全資訊，將兩岸24小時海難通聯擴展至南海，發揮相互支援救難的作用。
南海海域遼闊，包括東沙、西沙、中沙、南沙群島。其中東沙和南沙最大的太平島由中華民國實際控制，西沙群島由大陸控制，南沙其他許多島礁被越南、菲律賓等周邊國家佔據，中沙除黃岩島外均隱沒在水下。
大陸在南沙群島只控制永暑礁、赤瓜礁、東門礁、南薰礁、渚碧礁、華陽礁、美濟礁等島礁。
劉德勳去年8月4日也曾強調，「南海問題，我們不能只把焦點放在我們和中國大陸」；南海周邊有諸多國家，太多國家關切這一塊，目前政府的重點擺在與各國的互動，站在中華民國立場，藉由參與國際活動表達主張。