導演李惠仁去年12月底向台北地檢署告發許天來、黃國青、邱垂章、楊文淵共4名農委會防檢局人員瀆職、偽造文書及廢弛職務釀成災害，全案在今年1月18日分案偵辦。許天來已於3月4日請辭防檢局長一職獲准。
檢方日前調閱家畜衛生試驗所的兩次專家會議紀錄、錄音帶，關鍵錄音帶中，許天來指「等老闆下台再開會」等語。檢方於3月13日傳喚許天來、前農委會主委陳武雄，兩人訊後請回。陳武雄否認隱匿疫情，並稱依行政程序，「最大老闆」是他。
北檢今天發布新聞稿指出，就相關公務員的主觀犯意部分，歷年防檢局於認定高病原性禽流感病毒要件的立場，雖始終與家畜衛生試驗所不一，但相關的行政疏失由農委會調查，北檢偵查重點在於有無刑事犯罪，也就是相關公務員是否構成廢弛職務釀成災害等罪。
檢察官經查，縱使許天來在專家會議中對於高病原性禽流感病毒要件的堅持造成認定上的延遲，若有地方防疫機關確實的生物安全自衛防疫工作啟動配合，尚難認有廢弛職務的情事，且許天來在高病原性禽流感認定所持的意見，與其他禽場發生禽流感事件，難認有困果關係存在，另外，查無與偽造文書構成要件的犯罪行為，因此將全案簽結。
此外，最高檢察署特偵組於3月15日收到立委的告發狀，指疑隱匿禽流感疫情案中，總統馬英九、前行政院長吳敦義及前農委會主委陳武雄等人涉嫌廢弛職務釀成災害等罪；特偵組依程序分案「特他」案，目前尚未結案。1010709