賴幸媛晚間在個人臉書（Facebook）上指出，在增進台商在智財權的權益保護上，「兩岸投資保障協議」與「兩岸智慧財產權保護合作協議」，將產生雙重的加成效果；進一步相輔相成、共同發揮政府可扮演的角色，兩岸相關主管部門能有協處的平台、強化權益保障的空間。
她表示，現行兩岸智慧財產權保護合作協議已建構雙方主管部門聯繫的管道；一般在投資過程當中，廠商可能會以智慧財產權作為投資標的，而投資所產生的智慧財產權也具有一定的財產價值，「如果智慧財產權遭到侵權的問題，這也是屬於投保協議要保護的範疇」。
不過，賴幸媛也說，在這段過程中，「持續還是會有一些個案的發生」，不會因為兩岸簽署協議之後，就不再發生具有爭議的個案。
她強調，正因為兩岸簽署相關協議，也構建適當的協處機制，將來一旦發生問題，就有相關的機制可以協助。政府希望夠透過制度化協商，建立兩岸政府業務主管部門聯繫管道，協助台商在大陸經營時所面對的各種問題，是推動簽署協議的主要目標。