聯邦選舉機構是在潘尼亞尼托的競爭對手、得票第二高的左派候選人羅培茲(Andres Manuel Lopez Obrador)要求之下，重新計票。
根據聯邦選舉機構發布的最終結果，潘尼亞尼托獲得38.1%的選票獲得勝選；羅培茲則是獲得31.59%。與先前的計票結果相去無幾。
潘尼亞尼托早在1日大選後就已經宣布勝選，當時初步結果顯示，他以大約38%取得領先，超前羅培茲大約6.5個百分點。至於執政國家行動黨(PAN)候選人瓦茲蓋斯莫塔(Josefina Vazquez Mota)則落居第三。
羅培茲一直拒絕承認敗選，要求全面重新計票，並且指控革命制度黨買票和恫嚇。但是IFE官員表示，只有超過半數的總統選舉投票所，符合2007年選舉法所規定的重新計票條件，才會重新計票，因此只對54%的投票所重新計票。
這項選舉法規定，只有領先的前2位候選人得票差距不到1個百分點、或出現包括選票可能難以判讀等情形，才能要求重新計票。