國發基金執祕林桓也表示，宇昌案的程序與以往其他案子相比，顯得比較特殊，當時國發基金召集人劉憶如提出疑問，都是針對行政程序，國發基金對外的陳述，從頭到尾沒有抨擊生技科學家，所以「不知道他們的冤屈何來」。林桓說，國發基金即使當時就宇昌案提出疑問，但沒有認為科學家有不法，而「有些外界耳語對他們造成困擾，這我們也沒辦法」，這些對何大一的指控，的確對他不公平，但不同意宇昌案對台灣生技產業發展造成影響。
劉憶如昨日也指出，是應行政院要求對宇昌案啟動行政調查。她甚至提及，是當時的閣揆、現任副總統吳敦義口頭指示她進行調查，「我是以國發基金召集人，受命啟動行政調查」。
劉憶如表示，她當時臨時從日本京都招商行程回台，應邀到立院經濟委員會備詢，之後行政院要求啟動國發基金內部行政調查，「我是完全被動」。開始去調查細節後，發現很多東西沒有答案，才會請蔡英文回應。
劉憶如強調，宇昌案不符行政程序，她對宇昌案進行行政調查，不是為了選舉，只是很遺憾時間點距離大選很近，且還牽涉到總統候選人，「我本來就該做這個事情」，至於「為什麼十二月叫我做，這該去問他們，不是問我」。
對此，行政院發言人胡幼偉表示，國發基金投資生技案，審查過程必須遵守專業與公平兩大原則；結果，國發基金投資南華案遭抵擋兩年多，宇昌案卻能快速通過，過程有可受質疑地之處，目前正由司法偵辦當中。
劉憶如因宇昌案遭綠營提告二案，分別是文件日期錯誤，以及質疑國發基金在宇昌內一開始只有一董一監席次，與原規畫的三董一監不符。劉憶如說，至今「沒有人（指特偵組）找過我」，但她「心裡滿篤定」。