教育部高等教育司長何卓飛今天強調，法律的確給予委員會有最後決定權，但「不會那麼粗暴」，原則上還是要得到合併雙方的同意。
高教司表示，教育部制訂「國立大學合併推動辦法」，源自於立法院100年1月三讀通過「大學法」第7條修正案，授予教育部主導國立大學整併的權力。
按照辦法，教育部將邀集中立學者專家、社會公正人士組成「合併推動審議委員會」，由教育部長或政務次長擔任召集人，找出適合合併的學校名單。審議期間，各校代表可以「列席」，提供意見。
何卓飛今天接受中央社記者採訪表示，過去國立大學合併難以推動，主要是得經過兩校（或多校）校務會議通過，有時會有「本位主義」。現在中央握有主導權，會設立一個「評估指標」，就區位、資源、學術領域、互補性等因素，找出最適合合併的國立大學。
根據最新出爐的「國立大學合併推動辦法」，合併的條件還包括學校的招生規模、自籌經費能力、學生註冊率、以及歷年接受評鑑的結果。
外界質疑，教育部推動國立大學合併，是為了減緩私立學校的招生壓力，何卓飛鄭重否認，他說，合併後原校招生總額會相加，除非是雷同系所整併，才可能減少學生人數。對於辦學較差的學校，教育部自有一套退場機制，和國立大學整併無關。