此外，行政院長陳冲昨天也大陣仗率副院長江宜樺、副祕書長陳士魁公開向國人道歉，並重申廉潔是行政團隊的最基本要求；對於在野黨要求內閣改組，陳冲低調地說，這是總統職權，他不便做任何說明。
府院同步為執政團隊成員涉貪向國人致歉，為馬英九執政迄今以來首見，顯示此事件對馬政府造成的殺傷力，已讓整個團隊士氣盪到谷底。
林益世於昨天清晨四點多遭檢方聲押，五個小時後，馬英九出席中央研究院第卅屆院士會議開幕式，對媒體高聲詢問沉默不語。不久後，幕僚即主動告知媒體，馬英九將針對林益世案發表談話。
在媒體環伺下，馬英九手握一張紙片，顯然是在會議中擬就的談話稿，對林益世涉貪一事，他坦言感到「非常遺憾與抱歉」。
馬英九說，清廉是公務員的基本素養，也是核心的價值，違反這個原則，如果犯了罪，就應該接受法律的制裁，中間沒有灰色地帶，也沒有任何可以閃避的空間。
對於黨內全力栽培的青壯世代政治明星觸犯貪汙罪，馬英九僅表示希望「執政團隊」記取這次教訓，用人更為謹慎和小心。他並強調，政府對於一直在進行的廉政倫理規範，以及肅貪、防貪工作，一定不會有任何鬆懈，一定會繼續把公務員的倫理和清廉，徹底建立起來。
府方幕僚透露，林案爆發至今，馬英九心情一直很沉重；昨天獲知林益世坦承犯行並遭聲押後，情緒更是極為惡劣，但為向國人表明立場，仍決定在第一時間發表談話。
行政院方面，陳冲對林益世遭押也極為沮喪，不斷提及「他（林益世）到上周六還堅持絕對沒有收錢」，卻被特偵組引用貪汙治罪條例的「違背職務收賄」、「對於職務上行為要求賄賂」兩法條移送，驗證外界傳聞所實。
「違背職務收賄」應就指立委任內六千三百萬元索賄，「對於職務上行為要求賄賂」則指向行政院秘書長任內索賄八千三百萬元，據轉述，陳冲對此發展極為震驚、沉痛。
政院高層直言，特偵組引用這一法條才是致命傷，對執政團隊傷害更大，當行政院最高幕僚長出狀況時，閣揆確有監督不周的責任，「此刻逃避切割，很難向社會交代！」