嘉義縣政府表示，各鄉鎮市公所自6月10日豪雨侵襲開始，提報農業災損速報並持續觀察，當6月21日全縣水稻災損程度增為27%時，縣府依據農業天然災害救助辦法第14條規定，啟動災損勘查作業。
縣府指出，6月22日召開勘查準備會議，並於6月23、24日由農委會臺南區農業改良場、農糧署南區分署、縣府、公所組成勘災小組勘查後，縣府於6月25日函送農糧署申請水稻、酪梨、甜柿及蓮霧等4項作物專案補助。
經6月25日至6月28日持續詢問農糧署審查情況均無所獲，至6月28日晚間農糧署來電及傳真告知因受損程度未符合20%規定，嘉義縣水稻專案補助被駁回。
縣府說，農業天然災害救助辦法第14條辦理專案補助者，並無災損程度20%規定。縣府為維護稻農權益，再於6月29日下午召集勘查小組複勘，並於今天函送公文及相關資料再次申複，懇請農糧署同意嘉義縣水稻專案補助，以協助稻農減輕損失。
農糧署指出，依救助辦法規定，縣市政府因轄內作物受損請求專案補助，主動權在縣政府，對於嘉義縣政府重行組勘災小組鑑定後再申請專案補助，農糧署尊重嘉義縣政府做法，將於收到縣府公文後再依規定審查辦理。