早在二○○五年馬首度擔任國民黨主席，當年縣市長選舉，馬力挺基隆市長許財利（已於二○○七年病逝），輔選時打出「馬利兄弟，共創佳基」口號。
不料，許隔年因涉及購地弊案遭判刑七年，國民黨趕緊啟動廉能機制，開除許財利的黨籍。黨務系統還在基層協助「罷免連署」，黨內曾有人為此發出感嘆，馬從力挺到絕對切割，許案是最具代表性的首例。
馬在○九年回任黨主席，當年黨內中常委改選，爆發「送禮風暴」，馬標榜的清廉改革受到直接挑戰，國民黨在「雖尚無具體證據」下，仍揮舞「黨紀大刀」立即切割，最後演變成中常委全面改選。
馬英九回任黨主席後，國民黨提名的候選人涉及賄選案件，還是大有人在。例如，國民黨籍屏東縣議會議長林清都因賄選，於二○一一年底遭判刑五年半。
馬主導本屆國民黨立委提名，原住民立委簡東明因涉及賄選於今年三月遭檢方起訴，還具體求刑四年；簡東明的妻子、身兼中常委的戴錦花也因涉及賄選被高雄地檢署起訴，並求處徒刑五年。
除了擔任黨主席提名的各項公職候選人一再發生賄選問題，如今更爆發前行政院秘書長林益世疑向廠商鉅額索賄的風波，讓馬英九標榜的清廉要求，面臨嚴峻的考驗。