為因應加入世界貿易組織的衝擊，政府從民國八十六年推動休耕政策，達到稻米減產目標，避免穀賤傷農，但也加速農地流失，猶如讓農村慢性自殺。
農委會主委陳保基表示，休耕補助預算每年「燒掉」一百一十億元，連續一、二期常態性休耕農地多達五萬公頃，「這些人不工作每年可領九萬元，沒有任何生產力及工作機會，這項政策勢必要減討。」
因此，農委會計畫提出新制休耕政策，規畫休耕補助限領「一期」，另一期由各縣市農業局輔導農民活化土地或承租給年輕農民，轉作小麥、玉米、非基因改造大豆等需向國外進口的作物，替不斷上漲的國際糧價及運費預作準備。
中興大學應用經濟系教授陳吉仲分析，國內休耕面積逾廿萬多公頃，由於休耕補助每期每公頃可獲得四萬五千元，兩期則有九萬元，連續休耕的五萬公頃大多不是「真正的農民」，只是繼承土地，為領休耕補助而任其閒置。
由於前農委會主委蘇嘉全、陳武雄都曾提出類似計畫，最後在反彈聲中讓步。陳保基表示，若以平均一戶一公頃計算，這項政策將影響五萬農戶，勢必會遭受很大的阻力，但「台灣農地不能再虛耗下去」，七月五日將在台中農業首長會議時首次與縣市政府溝通說明，新的休耕政策最快明年一月可以上路。