不過，總統府深夜卻罕見地發出新聞稿指出，馬英九總統昨天與行政院方面密切交換意見，並舉行幕僚會議，充分聽取各方意見。與會者認為，此事「應儘速處理，以免損害團隊形象」。會議決定由行政院請林益世就外界質疑儘速收集資料，對外清楚說明，釐清案情，並主動將全案送請司法單位調查。
據指出，府方原本以為林益世傍晚記者會，應會提出請辭，但最後林並未明確交代時間點，府方因此有昨天深夜的新聞稿；政院高層坦言，這是府方下達最後通牒，林益世的去留最快今天攤牌。
民進黨立委趙天麟昨天深夜表示，他親耳聽到林益世與陳啟祥今年三月間在林益世服務處的對話錄音紀錄，內容提及，林益世擔任立委期間收取六千三百萬元，且再向陳啟祥索取八千三百萬元，證實《壹週刊》報導的確是真的。
林益世涉貪疑雲持續延燒，成為晚間所有政論節目焦點，府方高層緊守電視，密切掌握輿論方向，並據此作為危機處理的討論。馬英九昨晚在外有行程，行程結束後立即要求府方出面，轉達上述結論，並強調馬英九對此決定尊重。
府方的聲明係由發言人范姜泰基具名，而所謂與「行政院方面」交換意見，應係指行政院長陳冲、副院長江宜樺等人。
林益世昨一整天與律師、高雄鄉親會商，直到傍晚才出面舉行記者會再度反駁索賄指控，隨後前往士林地檢署按鈴控告《壹週刊》與地勇公司負責人陳啟祥刑事誹謗，透過司法動作展開反擊，以爭取個人清白。
林益世在記者會上表示，他已查到今年二月廿五日、三月十日兩度在高雄家中與陳啟祥會面，但自己絕無索取賄款，更沒有拿地勇公司任何政治獻金；但媒體進一步詢問他與陳啟祥幾次見面、幾次通話？他則說「還要進一步詳查」。
對於媒體刊出林益世與陳啟祥去年三月互動照片，他解釋，那天是拜會中聯公司新任董事長，過程僅短短十分鐘，不知會巧遇陳啟祥；他並反問，當時他還是立委身分，為何一場單純拜會就被偷拍？
不過，從周三《壹週刊》爆料，直到周四聯合報又刊出林益世與陳啟祥互動照片，府院承受壓力愈來愈大，國民黨內部不斷傳出要求林先請辭的聲音，「至少先請長假，靜候司法調查，才能避免府院持續受傷。」
但林益世仍強調，他願意接受特偵組最嚴格標準的檢驗，因為此案羞辱他的人格，也羞辱行政團隊。
至於記者會上公開宣示接受特偵組約談後「將有所決定」，是否代表將先請辭祕書長一職？林益世不願明確表態，他前一晚則表示，「此刻請辭，等於對自己沒有信心」。
索賄疑雲震撼台北政壇，林益世一早正常上班，九點準時出席行政院會後，隨後卻在會中閃電離席。政院下午發布新聞稿解釋，陳冲指示林益世先針對相關的人、事、物加以查證、整理後，並對外說明釐清各項疑點。