行政院大陸委員會晚間發出聲明指出，從未表達要求研討會主題不可出現「認同」與「互信」等文字意見。此外，關於主辦單位提供媒體的大陸來台與會人員名單，相關人士在申請來台時，「有多人未據實填報其所任機關及職稱」，也是造成申請案審查延宕原因之一。
張亞中今天發出「陸委會杯葛兩岸就核心問題進行互動始末」說帖表示，台灣大學兩岸暨區域統合研究中心與兩岸統合學會日前準備籌辦一場由兩岸重量級人士參與的研討會，就「認同」與「互信」進行對話。
這場論壇主題為「台北會談：強化認同互信、深化和平發展研討會」；應邀出席會議的兩岸三地專家學者包括大陸共50餘人、香港2人及台灣方面約100人。
張亞中說，籌辦期間，主辦單位均透過「亞太和平基金會」讓政府充分了解會議目的及參與成員。會議原訂29至30日舉行；不料6月中旬，政府表示會議時間與當時即將召開「江陳會」時間衝突，希望延期。經協商，雙方決定同意延後2個星期，於7月13、14日舉行。
他指出，移民署26日針對此事再審理，陸委會表明立場為，會議主題不可出現「認同」與「互信」等文字，並且僅同意「純學者」參與。此外，凡具有黨政軍（包括文職人員）背景與涉台人員（包括海峽兩岸關係協會），均不宜通過。
他表示，相關申請案「我們都有文件給他（陸委會）、「該補充的都補充了」，強調無法接受陸委會要求更改活動名稱。