「日本放送協會」（NHK）、「讀賣新聞」報導，台北時間下午2時10分左右，在釣魚台列嶼赤尾嶼（日本稱大正島）西北西約21公里處，日本海上保安廳的飛機發現海巡署巡邏船「巡護6號」。日本海上保安廳人員對巡護6號發出警告，獲得「將離開」的回答，約20分鐘後，巡護6號駛離。
外交部新聞文化司副司長夏季昌晚間表示，日本交流協會已聯絡亞東關係協會表示抗議；不過，夏季昌強調，釣魚台列嶼是中華民國固有領土，海巡署船隻前往是例行巡護，外交部已拒絕日方的抗議。
海巡署晚間舉行記者會說明，海巡署海洋巡防總局第一海巡隊巡護6號，在25日12時到28日12時，配合行政院農業委員會漁業署在中華民國暫定執法線內執行北方海域護漁勤務，並有2名漁業署觀察員隨行。
海巡署說，依巡護6號航跡圖，這次巡護任務在下午2時10分，距赤尾嶼12.5浬處，遇到日本海上保安廳PL-63公務船。雙方當時未有衝突，沒有日本媒體報導的巡護6號遭警告後離去情形。海巡署對日方不正確報導感到遺憾，並將循適當管道表達嚴正抗議。