中科四期二林園區面臨轉型，國科會已將轉型方案送到行政院，不過環保團體今（26）日上午召開記者會，指國科會避重就輕、預算編列不實，恐有誤導行政院之嫌。台灣水資源保育聯盟發言人陳椒華說，國科會始終不願正視自來水減漏、汙水回收、海水淡化的可行性，轉型方案又少編8.4公頃的滯洪沉砂池土地成本，企圖誤導行政院認為此方案便宜可行，這種轉型方案根本就是換湯不換藥，就是要通過搶用農業用水的方案。
台灣水資源保育聯盟、台灣農村陣線等團體在民進黨立法委員田秋堇、林淑芬、劉建國的陪同下召開記者會，指出中科四期轉型方案少編預算、資料錯誤，有意圖誤導行政院選擇較便宜的引用農水的方案，而不願考慮其他方案的可能性。
陳椒華指出，中科轉型已經減少了用水的需求，從每天需要16萬噸縮減為2萬噸，但國科會提出的轉型方案中，對於引用農業用水方案有少編預算，對汙水處理回收方案多編預算，對自來水減漏及海水淡化等完全不考慮，這種作法將讓政院做出錯誤決定，選擇仍然搶奪農業用水的方案。
陳椒華進一步表示，以汙水回收為例，國內過去經驗中汙水再生廠的單位造價僅3萬元/CDM，所以3600CDM處理量的回收廠僅需1.1億元，但國科會卻高估為12億元，換算將會是10000CDM之汙水處理廠的規模，根本就是在誤導行政院做決定。
林淑芬痛批，中科四期當初為友達光電量身訂做，然而現在友達已經確定不會進駐，政府都還沒替錯誤政策向人民道歉，現在就自己找台階下說要轉型，但轉型卻不知用水需求量，還要拜託廠商來進駐。她呼籲國科會，在還不知道轉型方向何去何從前，先把水還給農民。
台灣農村陣線研究員林樂昕表示，國際農民團體來台參訪時，都對台灣農業設備的完善感到驚訝，都認為台灣具有非常優秀的發展農業條件，因此對政府搶農水給工業使用感到不解。她認為，科學園區的目的是扶持具有發展潛力的高科技產業，但國科會現在卻只是替成熟產業找土地，淪為經濟部工業局的角色。
國科會園區協調小組參事董良生表示，進駐園區的廠商需要提營運計畫送審，不是任何廠商都能進駐，必須符合高科技發展及研究的條件，國科會也會有查核機制，如果發現廠商不符將會撤銷進駐資格。
國科會中科管理局工商組組長施文芳解釋，關於環保團體關心的自來水減漏、汙水回收再利用、海水淡化等方案都有併陳給行政院；至於預算編列的問題，其土地成本在當初原方案時就已經徵收，所以不需要再編一次，而沉砂池則因為與景觀美化工程結合，所以才有較高的預算編列，絕無錯誤編列意圖誤導行政院。
水利署副總工程司江明郎則認為，自來水減漏方案並不可行，因為自來水減漏不可能做到100%不漏，以目前彰化地區的滲漏率20%來說，最多改善幅度只有5%，約每天1800噸的水，但這與中科需求的每天2萬噸相去甚遠，且改善工程需耗時10年以上，緩不濟急。他也說，滲漏的水也是補注到地下水系統中，如果減漏後拿來使用，恐怕會有加深地層下陷的疑慮。