中央政府分10年編列預算撥補3百億元，依離島建設條例設置離島建設基金，根據經建會統計，90年到100年離島各縣補助情形，金門縣占補助比例32.86%，金額為70.05億，居各離島補助之冠。
政府制定離島建設條例，目的為推動離島建設，健全產業發展，維護自然生態環境，保存文化特色，改善生活品質，增進居民福利，據經建會統計，90至100年離島各縣補助全部合計補助金額達213.19億元。
分別為，金門縣補助70.05億元，補助比例占32.86%；澎湖縣補助64.34億，補助比例占30.18%；連江縣補助45.68億，補助比例占21.43%；台東縣補助16.33億，補助比例占7.66%；屏東縣補助12.07億，補助比例占5.66%；其它補助小型基層建設計畫及綜建計畫等4.72億。
另外為引進民間資金共同參與離島建設，自95年開辦融資業務；97年並為了解決擔保品不足的問題開辦信保業務，結至100年底共核貸6700萬元。
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