除了檜木，牛樟是山老鼠鎖定的盜採主要目標，花蓮林管處退休員工指出，在花蓮徒步約一天的路程範圍內，牛樟幾乎全被砍倒，並鋸成段木偷運送下山，再販售給人工栽培牛樟芝的需求者；至於難以到達及運送的深山地區，山老鼠為了牛樟芝的可觀經濟利益，經常在樹身挖洞植入樟芝菌，長成後採取販售。
由於牛樟菇只生長在牛樟樹腐朽中空的樹幹內，最新的盜伐手法是鎖定大型的牛樟樹，先以榔頭敲擊樹身看是否有腐爛狀況，若有就強行挖洞、甚至鋸開樹幹，再把腐爛的樹頭運至山下培養牛樟菇。
新竹林區管理處長張偉顗說，因醫學證實牛樟芝有抗癌療效，這幾年成為熱門的盜伐樹種。在桃竹苗山區，盜伐牛樟佔了9成5，去年在三灣便查獲10噸被盜伐的牛樟木，日前在芎林查獲4.3噸的牛樟木，都屬大宗盜伐案件。
林長茂批評，外界太過度強調及吹捧牛樟芝的神效，不只造成牛樟被盜伐，就連類似牛樟的樹木也遭砍殺，成了森林浩劫。