首任金蘭會理事長的鹿耳門聖母廟主委王增榮透露，早在民國八十年初，當時鹿耳門聖母廟主委方文科即邀各地「公廟」籌組金蘭會，多達三十家宮、廟、寺堂參與，為健全組織、推動會務，後來朝社團立案登記的目標努力，可是「金蘭」結盟名稱，讓內政部單位憂心有否「幫派結會」，直到今年三月終於核准申設。
近幾年，全台各地廟宇以媽祖聖母、保生大帝或關帝聖君等供奉主神為主體結合的社團陸續成立，帶動宗教界新興發展；金蘭會則跨「神界」，含括三清道祖、玄天上帝、玉皇大帝、中壇元帥、財神爺等不同主神供奉廟宇寺堂，多達七十家，台灣道教總廟無極三清總道院也是金蘭會成員廟宇。