近年全台各地水患頻仍，除了中南部沿海及山區外，新北市土城、三峽、樹林等都會區也難逃積水、淹水的命運；民眾多認為，根本解決之道應是增設排水溝，讓大水得以宣洩排出，對於政府提出「高腳屋」的構想，普遍認為只是治標不治本。
新北市土城區埤塘里長邱顯俊直呼：「笑死人了！」他質疑，高腳屋是否撐得住地震搖晃？即使是鋼筋柱子，也可能鏽蝕；更何況，日前一度水淹一百五十公分的土城彈藥庫，緊鄰捷運站、公所，「在市中心蓋高腳屋能看嗎？」當地張姓民眾也說，就算水不會淹進屋內，「屋外還是淹水，難道要我們坐船進出嗎？」
宜蘭縣五結鄉錦眾村一帶臨海地區，因地勢低漥容易淹水，但鄉長簡松樹說，高腳屋的立意雖好，卻不切實際，不僅沒有幫助，還會淪為笑柄；解決淹水問題，不妨參考水岸城市概念，設置滯洪區，進行整體規劃。
被貼標籤 區域房價恐崩盤
村長邱政富則大罵政府高官「講瘋話」，一旦淹大水，居民在屋內避難，車子、農田難道要棄之不顧？他說，宜蘭縣政府在錦眾村設置的大型抽水站已發揮初步功效，舒緩當地淹水威脅，接下來應設置完善的排水系統，突發奇想空有創意，但「沒路用」，找出原因對症下藥，才是解決問題的不二法門。
八八風災時，全鄉被土石淹沒的屏東縣林邊鄉永樂村長蔡玉心指出，高腳屋如同淹水的標誌，一旦村落蓋了高腳屋，如同對外宣告當地淹水嚴重，勢必造成區域房價崩盤。
「笨蛋！ 問題在治水」
嘉義縣布袋鎮蔡姓民眾說，「笨蛋！問題在治水」，萬一地層不斷下陷，水越淹越高，豈不是要推動「超高腳屋」？希望政府單位多用點心治水，鼓勵加高建物避水，只是治標、無法治本。