本案是扁家弊案中唯一的民事訴訟，對法官判決不必賠償，親自到庭聆判的陳水扁，在法庭上霎時露出笑容，當庭向承審法官林秀圓表達感謝。面對記者的詢問，扁和委任律師洪貴參晤談幾分鐘後，沒表示意見。他透過洪律師轉述，判決結果並不覺得意外，是意料中的事，要感謝法官根據調查證據結果，判決「原告之訴駁回」，讓他覺得很安慰。
敗訴方的科管局律師葉恕宏則說，是否提出上訴，將等收到判決書後，再研究上訴的理由。
九十九年十一月十一日，最高法院就龍潭購地案，分別判扁珍有罪確定後，扁定執行刑十八年，前年底入監服刑後，科管局根據該判決，認為台泥董事長辜成允，七年前為解決達裕公司財務問題，將達裕擁有的龍潭工業區土地，以七十六億多元出售給科管局，成為新竹科學園區的龍潭基地時，曾透過中間人將四億元佣金行賄扁珍。
科管局認為，土地買賣當時，這筆錢算進了售價，讓科管局多花四億元買地，且是受到詐騙、脅迫才購買，因此向陳水扁、吳淑珍、辜成允、達裕公司，及當時的科管局長李界木、白手套蔡銘哲等六人，請求連帶賠償四億元。
台北地院審理後，法官認為從刑事判決認定的犯罪事實來看，扁、珍、李界木和蔡銘哲，只是積極推動龍潭購地案，土地買賣價金，四人並未干預和參與，而是由科管局人員訪價後，再和達裕人員議價，雙方人員，根本不清楚佣金行賄，顯見簽訂土地買賣契約時，未將辜成允給付的四億元佣金算進價金。法官認為，不論本案簽訂的土地買賣契約，是否確經達裕公司、辜成允的詐騙，或經扁珍、李界木和蔡銘哲的脅迫，科管局主張的損害都不能成立，故不能依侵權行為請求扁珍等六人負連帶賠償責任。