臺北市污水下水道門牌戶數接管普及率至民國101年5月底達68.65%，衛工處並輔以礫間淨化現地處理、晴天污水截流等措施，強化污水淨化處理，淡水河系魚種由14種增加至89種，基隆河大直橋河段也有漢氏螳臂蟹的蹤跡，顯示河川水質日漸淨化。衛工處辦理的忠孝礫間現地處理及忠孝截流等設施即將於101年7月進行試運轉，屆時將進一步削減淡水河污染。
衛工處長陳永輝說，忠孝礫間淨化現地處理設施及忠孝截流設施都預定在101年7月展開試運轉，其中忠孝礫間淨化現地處理設施每日處理量為27,000立方公尺，忠孝截流站每日截流量為18,000立方公尺，預計可削減河川污染量相當於3萬8,250人。
衛工處設計科長李光軒指出，目前臺北市近7成的家戶污水經由公共污水下水道輸送至污水處理廠淨化，衛工處並已設置12處晴天污水截流站，以及4處礫間淨化現地處理設施，做為第二道防線，每天污水處理量約100萬立方公尺，有效維護淡水河系河川水質與生態。
李光軒進一步指出，淡水河經過長期整治，隨著水質逐漸改善，生態環境漸漸恢復，依據行政院環保署淡水河流域污染整治生態效益調查報告，淡水河魚種變多，位於中、下游河段人口活動密集區域，魚種由民國71年的14種大幅增加到98年的89種，更發現迴游性魚種，如日本禿頭鯊、眼班厚唇鯊以及消失多年的翹嘴紅鮊。衛工處環境監測資料顯示，自99年起基隆河大直橋河段還發現有漢氏螳臂蟹的蹤跡。