陸委會和財政部昨天聯合舉行記者會，說明兩岸海關合作協議內容。賴幸媛指出，台灣已和美國、菲律賓、以色列、越南等國家簽署關務協定，兩岸經貿交流密切，也有必要簽署海關合作協議；此外，投保協議和海關協議皆屬於ＥＣＦＡ後續談判項目，若這次江陳會能率先簽署，對兩岸ＥＣＦＡ後續談判有正面幫助。
財政部次長黃定方說，兩岸簽署海關合作協議後，可降低業者營運成本，例如現行貨櫃通關，若被拆櫃抽驗，拆一個櫃的成本是八千元；協議簽署後，雙方可藉由無線射頻識別技術（ＲＦＩＤ），透過電子封條，確認貨物在出口後沒有被打開，就可以不用重新開驗，減輕業者負擔。
財政部關政司司長王亮補充說明，ＲＦＩＤ初期將先在台中、廈門等港口測試。
此外，協議也將推動兩岸安全認證優質企業（ＡＥＯ）相互承認，只要通過認證程序，將可簡化查緝、認證等繁雜手續，平均通關只要○．五至○．六秒。
在走私情資通報方面，黃定方表示，未來將參照國際打擊走私的作法，相互提供情資、訊息，加強毒品、藥物、槍械、彈藥的查緝，對維護國人健康，以及國內的經濟秩序，有很大幫助。