法院判決指出，黃昆輝在民國99年4月間，以「你是否同意政府與中國簽訂『兩岸經濟合作架構協議』(ECFA)？」為題，向中選會提案舉辦公投。
中選會認為，提案不適用公投法第14條第1項各款規定，並函請行政院公民投票審議委員會議決。
公審會認為人民提起的公投提案，應持改變現狀立場，才符公投法的制度設計。黃昆輝持反對立場，卻以正面表述的命題提公投案，即便投票通過，也絲毫不能改變現狀，權責機關無須有改變現狀的任何作為。
中選會駁回後，黃昆輝提起訴願遭駁回，再打行政訴訟。台北高等行政法院駁回黃昆輝後，黃昆輝再提起上訴。
最高行政法院不支持中選會的見解，認為公投法未限制重大政策的複決只能以「改變現狀」立場提起，廢棄北高行駁回黃昆輝的判決，判決中選會須依循最高行政法院的法律見解另作處分。